Неудовлетворительный результат проверки на полиграфе часто фактически приводит к отказу в приёме на работу, либо к увольнению и расторжению трудового договора. Тем не менее, таковая причина для увольнения или письменного отказа в приёме является ничтожной и может быть легко оспорена в судебном порядке. Однако на практике психофизиологическая экспертиза редко фигурирует как основание для увольнения и отказа, являясь таковой лишь фактически. Поэтому если работодатель отказал в приёме на работу по другим законным причинам, оспорить законность проверки на полиграфе будет довольно сложно.